Slovenská katolícka misia je financovaná skoro výhradne z príspevkov veriacich. Kvôli transparentnosti, Správna rada neziskovej oranizácie Mission Catholique Slovaque asbl, ktorá finančne zastrešuje aktivity misie, publikuje každoročne správu o hospodárení.
Pri individuálny projektoch sa SKM uchádza taktiež o finančnú pomoc z Úradu pre Slovákov žijúcich v zahraničí. Prehľad podporených projektov je uvedený na portáli krajan.sk.